

Desiderando quindi restituire stabilità all’Ordine, lo zar Alessandro I invitò il sacro consiglio a riunire il capitolo generale dell’Ordine per eleggere il nuovo gran maestro, ma dopo una prima sessione; l’aulico collegio ammise la propria inidoneità a procedere al suffragio poiché impossibilitato a riunire i rappresentanti di tutti i priorati, molti dei quali (specie in Francia, Italia centro-settentrionale e Germania) soppressi a seguito delle conquiste rivoluzionarie.
L’ipotesi di un ritorno di von Hompesch era da scartare, poiché diversi priorati si rifiutavano di riconoscerlo e lo stesso Napoleone non intendeva rivederlo a capo dell’Ordine. L’Inghilterra desiderava fortemente che fosse lo stesso papa Pio VII a scegliere “Pro hac vice” (per questa volta) il nuovo gran maestro da una lista di candidati predisposta dai vari priorati.
Per questo il ministro francese Talleyrand-Périgord scrisse al ministro di sua maestà britannica in Parigi che il primo console (il quale in cuor suo sperava così di togliere Malta agli inglesi) acconsentiva che “per questa volta”, la scelta fra i candidati fosse commissionata al pontefice. La Spagna non fu nemmeno presa in considerazione.
L’incaricato d’affari di Russia, il piemontese conte de Cassini, non fu invece dell’opinione di affidare la scelta al Santo Padre. Come scrisse il cav. Artaud de Montor, incaricato d’affari della Francia a Roma: “Tutti quelli che avevano qualche interesse a mischiarsi negli affari di Malta, volgevano gli occhi verso Roma, ove era per farsi dal Papa la nomina del nuovo gran maestro”.

Sottoposto a continue e contrastanti pressioni da parte di Francia e Inghilterra, Russia e Spagna, dopo mesi di tentennamenti Pio VII si risolse infine ad eleggere il balì Bartolomeo Ruspoli il 16 settembre 1802, ma questi ricusò la nomina poiché contraria agli antichi statuti dell’Ordine.
Napoleone tornò ad insistere affinché il papa si pronunciasse in una seconda scelta, ma la Russia si dimostrò contraria (gli zar scrivevano al papa con la sprezzante formula vescovo di Roma e papa nel suo distretto), sostenendo che sarebbe stato sufficiente eleggere un luogotenente gran maestro, poiché il pontefice “aveva consumato il suo diritto e le sue facoltà nella nomina già fatta”.
La Francia e l’Inghilterra, con mire segrete, l’Austria in buona fede e il Regno di Napoli sotto l’influenza francese, insistettero con il Santo Padre per una nuova elezione.
Pio VII si espresse così altre due volte, prima scegliendo il balì Giuseppe Caracciolo di Sant’Eramo che però rifiutò per le identiche ragioni del Ruspoli e dopo, sconfortato, nominando persino il comm. Romagnoso – entrambi questi ultimi non presenti nella lista dei candidati proposti., ma persino il Romagnoso, rifiutò la nomina… Infine, “motu proprio”, il papa si risolse ad eleggere il balì Giovan Battista Tommasi, toscano ma residente in Sicilia, che finalmente accondiscese e il 23 giugno 1803 si autoincoronò gran maestro del nuovo Ordine di Malta di derivazione pontificia e prettamente cattolico.
A proposito di questa elezione, che ad iniziare da Spagna e Russia creò non poche proteste, il cardinale Consalvi, segretario di Stato di papa Pio VII, così si espresse nelle sue memorie: “Sua Santità si vide, con dolore, obbligato a bere il calice e a nominare qualcuno che non aveva le qualità di cui era dotato il balì Ruspoli. La Francia, non solamente non voleva un candidato russo, ma esigeva che si accettasse o il priore Caprara, o il priore bavarese o Tommasi”.
A causa di tale disaccordo, l’Ordine si divise così in tre parti: l’antico Ordine rimase in San Pietroburgo, con Saltykov quale luogotenente gran maestro, trattenne i 700.000 rubli di corresponsione annua dovuti al gran magistero e continuò ad indire i Capitoli Generali; i cavalieri delle Lingue di Spagna si posero sotto la corona del loro re Carlo IV, mentre Tommasi con 36 cavalieri (di cui solo 7 professi) si stabilì prima a Catania e poi a Messina, con risicate rendite,

L’Inghilterra non tenne in alcuna considerazione le richieste del Tommasi e mai accondiscese a cedere Malta allo sparuto gruppo siciliano; era certamente più interessata al crescente irrigidirsi delle relazioni tra Francia e Russia di quegli anni che l’affare di Malta non aveva certo contribuito a stemperare. Nuove tempeste si addensavano sui cieli d’Europa e un’eventuale futura allenza con l’Impero di Russia era troppo importante per la Gran Bretagna. Dopo nemmeno due anni di gran magistero, nella notte tra il 12 e 13 giugno del 1805, il Tommasi esalò l’ultimo respiro senza avere rivisto Malta.
Il 15 giugno dello stesso anno, immediatamente dopo la cerimonia funebre del defunto gran maestro, i membri del consiglio del gruppo siciliano, autodefinitisi “Consiglio di Stato dell’Ordine” si riunirono nella chiesa conventuale di Novaluce a Catania e designarono il balì Innigo Maria Guevara Suardo quale luogotenente gran maestro, per presiedere al procedimento dell’elezione del nuovo gran maestro. Due giorni dopo, il 17 giugno, dopo aver decretato che la situazione dell’Ordine a quel tempo non permetteva
loro di agire secondo le prescrizioni e le regole degli antichi statuti, senza consultare gli altri gran priorati e priorati dell’Ordine, con 22 voti su 36 elessero il balì Giuseppe Caracciolo di Sant’Eramo nuovo gran maestro, mentre 9 voti andarono al balì Antonio Miari e solamente 5 al balì Innigo Maria Guevara Suardo.
La Francia disapprovò immediatamente tale scelta, poiché il marchese Caracciolo, napoletano, era molto devoto alla propria corte e nutriva spiccate simpatie in favore dell’Inghilterra; pertanto il 30 agosto1803 il de Talleyrand scrisse a Roma, dichiarando che l’imperatore Napoleone si opponeva nella maniera più decisa a quella nomina. Il signor Caracciolo non poteva: “sotto alcuna forma, pervenire al magistero di Malta”. Talleyrand aggiunse, inoltre, che la scelta di un gran maestro poteva benissimo essere differita sino a quando egli sarebbe stato in grado di far conoscere le disposizioni definitive dell’imperatore e che l’attuale luogotenente Guevara Suardo, nominato dallo stesso Tommasi, sarebbe stato più che sufficiente ad espletare le funzioni di governo.
Il 24 settembre il cardinale Ercole Consalvi, segretario di Stato del Vaticano, informò pertanto Catania che entro pochi giorni papa Pio VII avrebbe comunicato la propria decisione, che in realtà egli già bene conosceva: il luogotenente Guevara Suardo (come desiderava Napoleone) sarebbe rimasto al timone dell’Ordine e a questo scopo il papa gli avrebbe concesso i poteri strettamente necessari.
Preso atto della decisione della Santa Sede che assecondava il volere di Napoleone, la Corte di San Pietroburgo. notificata la propria risoluzione a dare una organizzazione indipendente ai due gran priorati russi, conformemente a quanto stabilito dallo zar nel precedente ukase del 16 marzo 1801, diede ordine d’interrompere il versamento a Catania anche dei “diritti di passaggio” sui nuovi cavalieri, dopo il già avvenuto blocco delle corresponsioni annuali dovute dai priorati russi al magistero nel 1803, a seguito della disapprovata elezione del Tommasi confermò nuovamente il feldmaresciallo balì Nikolay Saltykov quale luogotenente gran maestro dell’Ordine di San Giovanni in Russia e ridusse al minimo i rapporti con l’Ordine pontificio, mentre il ministro Vittore di Kotchoubey propose persino di mettere fine al conferimento delle decorazioni dell’Ordine di Malta in Sicilia, poiché nulla avevano a che fare con la Russia; tale provvedimento diventerà effettivo nel 1817.